Najstarije stanovništvo koje je naseljavalo dolinu Tare pripadalo je ilirskom plemenu Autarijata, po kojem je i rijeka Tara najvjerovatnije dobila ime. Nakon Ilira u ove krajeve dolaze Rimljani, sa kojima se ovdje naseljavaju romanizovana ilirska plemena tkz. Vlasi stočari. O njihovom prisustvu svjedoči i jedan kameni nadgrobni spomenik pronađen u Poljima, a ispisan latinskim jezikom. U VII vijeku u dolinu Tare dolaze Sloveni koji su osnovali župu Brskovo čija se teritorija poklapa sa teritorijom današnje opštine Mojkovac.
U srednjem vijeku preko ovog prostora su se lomili uticaji Duklje-Zete, na jednoj, i Raške-Srbije, na drugoj strani. Najveći značaj ovaj kraj će dobiti otvaranjem rudnika Brskovo, koji se prvi put u istorijskim izvorima pominje sredinom XIII vijeka (1253.g). Tada su ovdje naseljeni rudari Sasi koji su sa sobom donijeli rudarsku vještinu i iskustvo. U Brskovu su srpski srednjovjekovni vladari kovali srebreni novac sličan mletačkim groševima. Osim kovnice novca u Brskovu će jedno vrijeme biti smješten i dvor vladara Nemanjića, a u periodu od 1311-1312.godine Brskovo će biti sjedište dubrovačkog generalnog konzula za Srbiju. Brskovo će se ubrzo razviti u važan trgovački centar. Kotorani, Dubrovčani i Mlečani su prodavali u Brskovu so, vino, tkanine i drugu robu, a iz Brskova su raznom robom snadbijevani gradovi u unutrašnjosti Srbije. Polovinom XIV vijeka Brskovo počinje da gubi svoj značaj. Pojava kuge i otvaranje novih rudnika Janjeva i Novog Brda doprinijeli su totalnom zamiranju Brskova krajem XIV vijeka.
Predanje govori da je naziv Mojkovac nastao spajanjem riječi ''moj kovani novac'' koje je, opet po predanju, izgovorio kralj Uroš I prilikom kovanja novca u rudniku Brskovo. Postoje i druga tumačenja o porijeklu ovog naziva, kao što je ono da je riječ Mojkovac izvedena od ličnog imena Mojko odn. prezimena Mojković. Sam lokalitet na kojem će se razviti današnje gradsko jezgro Mojkovca ranije je nosio naziv Požar.
Brskovski kraj će se 1398.godine naći pod turskom vlašću. Po dolasku Osmanlija doline Tare i Lima naseliće pleme Nikšići, pa će po njima dobiti ime novoosnovani vilajet Limski Nikšići. Mojkovački kraj će 1477.godine biti pripojen hercegovačkom sandžaku, a kasnije će često mijenjati administrativnu pripadnost. Nezadovoljstvo osmanskom vladavinom, naročito poslije podizanja Kolašina (1650.g), često je dovodilo do buna i ustanaka pravoslavnog stanovništva. U oslobodilačkim ratovima 1876-1878.godine lijeva obala Tare je oslobođena turske vlasti. Granica između, Berlinskim ugovorom priznate, države Crne Gore i Osmanskog carstva biće rijeka Tara. Takvo stanje će ostati do Prvog balkanskog rata (1912.g), kada je čitav mojkovački kraj oslobođen i pripojen crnogorskoj državi.
U Prvom svjetskom ratu, do ključnog sukoba crnogorske i austrougarske vojske doći će upravo na Mojkovcu. U čuvenom Mojkovačkoj boju (6. i 7.januara 1916.godine) crnogorska vojska pod komandom serdara Janka Vukotića potukla je do nogu brojčano jaču i tehnički nadmoćniju austrougarsku vojsku. Pobjeda kod Mojkovca ipak nije spasila Crnu Goru, jer su austrougarske trupe probile Lovćenski front i zauzele Cetinje.
Stanovništvo mojkovačkog kraja dalo je veliki doprinos pobjedi nad fašizmom u Drugom svjetskom ratu. Veliki broj mojkovačkih rodoljuba dao je život za slobodu i čast Crne Gore. Njih sedam je proglašeno za narodne heroje, a u Mojkovcu i okolini je u znak sjećanja na poginule borce NOB-a podignut veliki broj spomen obilježja.
Današnja opština Mojkovac nastala je 1955.godine spajanjem opštine Polja, iz sreza kolašinskog, i opštine Mojkovac, iz sreza bjelopoljskog.